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TU Berlin

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Bachelor-/Masterarbeit: Haben stärker verwandte Mikroorganismen eine ähnlichere Fitness? Wie stark ist der Zusammenhang zwischen phylogenetischer Distanz und ökologischer Fitness in verschiedenen Bakterienfamilien?

Mikroorganismen werden heutzutage typischerweise durch Sequenzierung von Markergenen, wie z.B. der 16S rRNA, identifiziert, die dann mit Datenbanken abgeglichen werden, um die Sequenz einer Spezies zuzuordnen.

Manche Sequenzen, die phylogenetisch stärker verwandter Spezies, sind sich sehr ähnlich und unterscheiden sich nur durch wenige Nucleotide. Vergleicht man hingegen nur schwach Verwandte Spezies, sind die Unterschiede der Sequenzen größer. Maß hierfür ist die sogenannte „Average Nucleotide Distance“, kurz AND.

Lassen sich aus dieser AND, also der phylogenetischen Distanz, Schlussfolgerungen ziehen wie ähnlich sich die Spezies in einem Ökosystem Verhalten? Ob sie gleichzeitig vorkommen?

Aktuelle Ergebnisse deuten darauf hin, dass ein Zusammenhang besteht, der augenscheinlich in einigen Familien größer ist, als in anderen.

Ob dem tatsächlich so ist soll anhand hochauflösender Zeitreihendaten analysiert werden. Ein solches Datenset steht bereits zur Verfügung, weitere können/sollen im Rahmen der Arbeit (je nach Umfang, Bachelor- oder Masterarbeit) recherchiert werden.

 

Bei Interesse meldet euch gerne per E-Mail: jutta.hoffmann@tu-berlin.de

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